2017年2月，实验室与上海市文物保护研究中心本着“资源共享、优势互补、发展互惠”的原则，加强高校院所与文博机构的协作，签署了战略合作框架协议。
双方一致表示，通过战略合作，加强对上海水下文化遗产的研究和保护，提升上海城市发展的文化软实力。围绕长江口海域历史沉船数据库建设，建立水下文化遗产地理信息管理系统，完成本市水下文化遗产信息的数字化管理；共同研究上海古河道、古码头和古城址遗迹，共同开展上海市水下文化遗产与海岸带水文地貌演变关联的研究。
在合作框架协议下，2017年先期开展了长江口水下文物整理与信息化、长江口杭州湾水下文物沉积环境分析、杭州湾北岸陆域古水系古海岸线演化研究等课题的研究。